Бесспорно, крест символизирует преобладающую православную христианскую религию. Однако символизм синих и белых цветов флага никогда не был установлен каким-либо правительственным решением. Определённо одно — революционеры 1821 года выбирая цвета для греческого флага в 1822 году выступили против красного и зелёных цветов, так как они связаны с исламской Османской Империей.

Некоторые считают, что полосы означают голубое небо и/или море (5 синих полос по числу океанов) соединённые с белыми облаками и/или волнами. Другие считают, что они символизируют 9 слогов фразы «Ελευθερία ή θάνατος» («Свобода или смерть», Э-леф-те-ри-я и Та-на-тос), как гласят народные предания. Так же есть версия, что полосы символизируют 9 муз, богинь искусства и наук.

Первоначальной формой флага был просто белый крест на синем фоне. Прежняя форма флага до сих пор используется в армии. До того, как флаг стал современным политическим символом, он много десятилетий использовался и продолжает использоваться военно-морским флотом Греции.